Implementación en GPU del Estadístico t para análisis de expresión genética en microarreglos

Eduardo Romero-Vivas, Fernando Daniel Von Borstel Luna, Isaac Villa-Medina

Abstract


Introducción: Los microarreglos de ADN son utilizados para analizar simultáneamente el nivel de expresión de genes bajo múltiples condiciones; sin embargo, la masiva cantidad de datos generados hacen que su análisis sea un candidato ideal para su procesamiento en paralelo. La utilización de Unidades de Procesamiento Gráfico de Propósito General (GPG­PU) es una alternativa eficiente y de bajo costo, comparada contra aplicaciones que utilizan CPUs. Objetivo: Implementación de algoritmos basados en la Arquitectura de Dispositivos de Cómputo Unificado (CUDA) para determinar la significancia estadística en la evalua­ción de los niveles de expresión de genes en microarreglos. Método: Análisis paramétrico t-pareado desarrollado en CUDA. Resultados: La evaluación utilizando la implementación en CUDA es 5 a 30 veces más rápida que la implementación en CPU, dependiendo del nú­mero de genes a ser evaluados. Conclusiones: Los resultados son comparados contra las implementaciones tradicionales en CPU; se proponen mejoras.


Keywords


GPU; Microarray; CUDA



DOI: https://doi.org/10.15174/au.2012.370

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Revista Acta Universitaria, volumen 28, núm. 5, septiembre-octubre 2018, es una publicación bimestral editada por la Universidad de Guanajuato a través de la Dirección de Apoyo a la Investigación y al Posgrado. Lascuráin de Retana no. 5, Centro, C.P. 36000, Guanajuato, Gto., México. Página web: www.actauniversitaria.ugto.mx, correo electrónico: actauniversitaria@gmail.com. Editor responsable: Artemisa Helguera Arellano. Número de Certificado de Reserva de Derechos 04-2013-081513345500-203, ISSN 2007-9621, ambos otorgados por la Dirección de Reservas de Derechos del Instituto Nacional del Derecho de Autor de la Secretaría de Educación Pública. Responsable de la última actualización: Sonia Karina Aguirre Flores. Calzada de Guadalupe s/n, Centro, C. P. 36000, Guanajuato, Gto., México. Fecha de última modificación: 15 de noviembre de 2018. Las opiniones expresadas por los autores no necesariamente reflejan la postura del editor de la publicación. Queda estrictamente prohibida la reproducción total sin previa autorización de la Universidad de Guanajuato. Se autoriza la reproducción parcial de los contenidos e imágenes de la publicación Acta Universitaria siempre y cuando se cite la fuente.

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