Análisis comparativo de diferentes métodos de extracción de DNA y su eficiencia de genotipificación en población mexicana
PDF
HTML

Palabras clave

Extracción de DNA
genotipificación
SNP
polimorfismos
PCR
variabilidad genética
México. DNA extraction
genotyping
SNP
polymorphisms
PCR
genetic variability
Mexico.

Cómo citar

Ríos-Sánchez, E., Calleros, E., González-Zamora, A., Rubio, J., Martínez, O. C., Martínez, A., Hernández, S., & Pérez-Morales, R. (2016). Análisis comparativo de diferentes métodos de extracción de DNA y su eficiencia de genotipificación en población mexicana. Acta Universitaria, 26(4), 56–65. https://doi.org/10.15174/au.2016.1078

Resumen

Los estudios de variabilidad genética han reportado inconsistencias de resultados entre poblaciones, en gran medida, debido a que los métodos de extracción de ácido desoxirribonu-cleico (DNA, por sus siglas en inglés) y las técnicas de genotipificación son altamente variables entre ellas, lo que conduce a la asignación errónea de genotipos. El objetivo de este estudio es comparar distintas técnicas de extracción de DNA y de genotipificación de polimorfismos. Para llevar a cabo el estudio, se analizó el DNA de 10 muestras sanguíneas correspondientes a individuos mestizos mexicanos, y se purificó por los métodos de fenol-cloroformo-alcohol isoamílico (FCI), gradiente de sales (GS), gradiente de sacarosa (GSC), DNAzol® y DNeasy Blood & Tissue Kit ®. Se genotipificaron los polimorfismos GSTT1 *0 y GSTM1*0 por reacción en cadena de la polimerasa (PCR, por sus siglas en inglés) múltiple, CYP1A1*2C por RFLP’s y AhR Arg554Lys por PCR tiempo real. Los resultados mostraron diferencias significativas (p < 0.001) en cantidad, pureza e integridad entre los distintos métodos. En los análisis moleculares se observó que el método de FCI presenta inhibidores de la reacción de PCR, ya que no fue posible amplificar los fragmentos por PCR múltiple y PCR punto final, aunque sí hubo amplificación en el PCR tiempo real. Los métodos GS y GSC amplificaron todas las muestras en las tres modalidades de PCR y mostraron resultados concordantes, mientras que solo el 80% de las muestras extraídas mediante DNAzol ® y DNeasy ® amplificaron, y los resultados no fueron concordantes para DNAzol ® (50%) y DNeasy ® (80%) en el análisis de PCR – RFLP’s. Los métodos de extracción GS y GSC mostraron mayor recuperación de DNA, con parámetros de calidad e integridad óptimos para los análisis moleculares por PCR. 

https://doi.org/10.15174/au.2016.1078
PDF
HTML

Citas

Abdel-Rahman, S. Z., el-Zein, R. A., Anwar, W. A., & Au, W. W. (1996). A multiplex PCR procedure for polymorphic analysis of GSTM1 and GSTT1 genes in population studies. Cancer Letters, 107(2), 229-233.


Baena, J. A., Ramos, A. J., Gómez, C. J., & Gómez, D. E. (2013). Comparación de métodos de extracción de ADN en tejidos parafinados y utilidad para amplificación por PCR. Revista Colombiana de Biotecnología, 15(1), 172-179.


Blanco-Jarvio, A., Martínez, L. A., & Bautista, G. A. (2014). Optimización de un protocolo de extracción de DNA total para la amplificación de marcadores moleculares funcionales específicos de organismos desnitrificantes. CICIMAR Oceánides, 29(2), 37-44.


Caboux, E., Lallemand, C., Ferro, G., Hemon, B., Mendy, M., & Biessy, C. (2012). Sources of pre-analytical variations in yield of DNA extracted from blood samples: Analysis of 50 000 DNA samples in EPIC. PLoS One, 7(7), e39821-e39821.


Cascorbi, I., Brockmöller, J., & Roots, I. (1996). A C4887A polymorphism in exon 7 of human CYP1A1: population frequency, mutation linkages, and impact on lung cancer susceptibility. Cancer Research, 56(21), 4965-4969.


Daly, A., Steen, V., Fairbrother, K., & Idle, J. (1996). CYP2D6 multiallelism. Methods in Enzimology, 272, 199-201.


Dong, L., Potter, J., White, E., Ulrich, C., Cardon, L., & Peters, U. (2008). Genetic susceptibility to cancer: the role of polymorphism in candidate genes. The Journal of the American Medical Association, 299(20), 2423-2434.


Eguiarte, L. E., Souza, V., & Aguirre, X. (2007). Ecología molecular. México: Secretaría de Medio Ambiente y Recursos Naturales (Semarnat) / Comisión Nacional para el Conocimiento y uso de la Biodiversidad (Conabio).


Gaedigk, A., Freeman, N., Hartshorne, T., Riffel, A. K., Irwin, D., Bishop, J. R., Stein, M. A., Newcorn, J, F., Montané, L. K., Cherner, M., & Leedert, J. S. (2015). SNP genotyping using TaqMan® technology: the CYP2D6*17 assay conundrum. Scientific Reports, 19(5), 1-9.


Garte, S. (1998). The role of ethnicity in cancer susceptibility gene polymorphism: the example of CYP1A1. Carcinogenesis, 19(8), 1329-1232.


Green, M., & Sambrook, J. (2012). Molecular Cloning. A laboratory manual (4th ed.). New York: Cold Spring Harbor Laboratory Press.


He, H. R., You, H. S., Sun, J. Y., Hu, S. S., Ma, Y., Dong, Y. L., & Lu, J. (2014). Glutathione S-transferase gene polymorphisms and susceptibility to acute myeloid leukemia: meta-analyses. Japanese Journal of Clinical Oncology, 44(11), 1070-1081.


International HapMap Project (2015). Recuperado el 20 de abril de 2015 de http://hapmap.ncbi.nlm.nih.gov/


Lahiri, D. K., & Nurnberger, J. (1991). A rapid non-enzymatic method for the preparation of HMW DNA from blood for RFLP studies. Nucleic Acids Research, 19(19), 5444.


Monien, B. H., Schumacher, F., Herrmann, K., Glatt, H., Turesky, R. J., & Chesne, C. (2014). Simultaneous detection of multiple DNA adducts in human lung samples by Isotope-Dilution UPLC-MS/MS. Analytical Chemistry, 87(1), 641-648.


National Center for Biotechnology Information (2015). Basic Local Alignment Search. Recuperado el 5 de junio de 2015 de https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi


Osorio-Cadavid, E., Ramírez, M., López, W. A., & Mambuscay, L. A. (2009). Estandarización de un protocolo sencillo para la extracción de ADN genómico de levaduras. Revista Colombiana de Biotecnología, 15(1), 125-131.


Pérez-Morales, R., Méndez-Ramírez, I., Moreno-Macías, H., Mendoza-Posadas, A. D., Martínez-Ramírez, O. C., Castro-Hernández, C., Gonsebatt, M. E., & Rubio, J. (2014). Genetic susceptibility to lung cancer based on candidate genes in a sample from the Mexican Mestizo population: A case-control study. Lung, 192(1), 167-73.


Saitou, M., & Ishida, T. (2015). Distributions of the GSTM1 and GSTT1 null genotypes worldwide are characterized by latitudinal clines. Asian Pacific Journal of Cancer Prevention, 16(1), 355-361.


Spink, B. C., Bloom, M. S., Wu, S., Sell, S., Schneider, E., Ding, X., & Spink, D. C. (2014). Analysis of the AHR gene proximal promoter GGGGC-repeat polymorphism in lung, breast, and colon cancer. Toxicology and Applied Pharmacology, 282(1), 30-41.


Thompson, R. E., Duncan, G., & McCord, B. R. (2014). An investigation of PCR inhibition using Plexor®-Based Quantitative PCR and Short Tandem Repeat Amplification. Journal of Forensic Sciences, 59(6), 1517-1529.


Zhang, L., Zhao, J., Cui, G., Wang, H., & Wang, D. W. (2015). Genotyping on ALDH2: Comparison of four different technologies. PLoS One, 10(3), e0122745-e0122754.